紫外线的穿透率（UVT）：影响紫外线杀菌效果的主要因素为杀菌介质（水）的紫外透过率（UV Transmission）或介质吸收率（Absorbance）。紫外线的透过率与介质的吸收率受水中溶解的有机物、无机物及未溶解的悬浮物等因素的影响。
总悬浮颗粒物（TSS）：悬浮颗粒物对紫外线杀菌效果的影响也十分明显，悬浮颗粒能吸收与反射紫外线，从而阻止紫外线照射到细菌与病毒的DNA上。另外悬浮颗粒物也会加速石英套管的结垢及污染，从而影响杀菌效果。
颗粒物尺寸：水中颗粒物尺寸的大小对紫外线杀菌效果的影响较大，因为大的悬浮物颗粒物会形成对细菌与病毒保护的阴影与死角。通常二沉池的出水与紫外线杀菌更有利，并且水中悬浮颗粒物平均尺寸应小于30um。
曝光时间：曝光时间与流量有关。紫外线系统设计时一般按照峰直流量进行设计，流量越小，曝光时间越长，系统具备更大的有效剂量。