臭氧杀菌是利用臭氧的强氧化杀菌原理，氧化细菌的细胞壁，使细胞内的细胞质流出，杀死细胞内的活性酶，分解遗传物质DNA和RNA，从而致死病原菌。臭氧在常温、常压下分子结构不稳定，很快自行分解在氧气（02）和水（H20），不会改变水箱内水的水质，具有杀菌速度快，无残留，无二次污染的特点。

臭氧属于广谱杀菌，对大肠杆菌、沙门氏菌、金色葡萄球菌、乙肝病毒、痢疾菌、霉菌、枯草杆菌等都具有强力的杀灭作用。能迅速将细菌和病毒杀灭，灭菌速度是绿的300-600倍，紫外线的3000倍。臭氧为弥漫气体，消毒无死角，故消毒杀菌效果好。多余的臭氧可以很快分解成氧气，故不存在二次污染问题。